Oddělení restaurování papíru vzniklo sloučením oddělení vysoušení zamražených archiválií (VZA) a Atelieru restaurování papíru. VZA vzniklo v r. 2004 jako specializované pracoviště pro ruční vysoušení archiválií poškozených povodní v roce 2002. V květnu 2005 nad projektem ručního vysoušení archiválií převzal záštitu Český výbor pro UNESCO. V roce 2006 udělila porota soutěže Gloria musaealis vysoušecímu pracovišti 3. místo v kategorii Počin roku 2005. V roce 2011 bylo vysoušení poškozených archiválií z povodně 2002 po devíti letech dokončeno. I nadále však bude toto pracoviště poskytovat konzultační a poradenské služby pro veřejnost i jiné instituce v oblasti poškozených papírových dokumentů a příbuzných materiálů (fotografický materiál, aj.) vodou. Pro potřeby vysoušení zamražených archiválií byl vybudován v NTM velkokapacitní mrazící box, který může poskytnout pomoc kdykoliv po vodovodním neštěstí k rychlému zamrazení postižených papírových dokumentů, čímž se dokumenty ochrání před napadením plísněmi a degradací hnilobou.Viz ceník (odkaz)

S přibývajícími vysušenými archiváliemi vznikla v NTM potřeba restaurovat vybrané vzácné plány a návrhy, poškozené při povodni. Z tohoto důvodu byl v roce 2009 otevřen Atelier restaurování papíru, specializovaný na konzervaci a restaurování velkoplošné plánové dokumentace. Pracoviště vzniklo za finanční podpory MK ČR a z daru Klubu přátel za starou Prahu - SOS archiv architektury.

Provádí se zde restaurování sbírkových předmětů papírové povahy (tzn. grafické listy, plakáty, důlní a astronomické mapy, glóby, historické fotografie či negativy a jiné), uložených ve sbírkách a archivech NTM. Jedná se především o jejich přípravu na převoz a dlouhodobé uložení v nových depozitářích v Čelákovicích, nebo o přípravu dokumentů pro účely prezentace ve stálých expozicích či výstavách.

Po dokončení vysoušení poškozených papírových materiálů NTM se VZA začalo také věnovat konzervačním pracem širokého spektra sbírkových předmětů, především papíru a souvisejících materiálů, ale i přípravou různorodých sbírkových předmětů pro výstavy, či zápůjčky, nebo pro finální uložení v depozitářích NTM.