Z politických důvodů nemohl po roce 1970 působit ve školství, avšak v sedmdesátých a osmdesátých letech byl jednou z profilujících osobností proslulého ateliéru stavebněhisto­rického průzkumu Státního ústavu pro rekonstrukce památkových měst a objektů. Po kratším působení v Národní galerii koncem osmdesátých let přešel za nové situace roku 1990 definitivně na Filozofickou fakultu Univerzity Karlovy, kde postupně vedl zdejší Ústav dějin umění a vychoval řadu dnes již významných žáků. Od roku 2005 se stal prorektorem Univerzity Karlovy. Profesor Horyna měl velké zásluhy v oblasti památkové péče, kde jako respektovaná osobnost se podílel na koncepčních i legislativních pracích, dále zasahoval v řadě významných památkových kauz minulých desetiletí, měl velké zásluhy na obnově řady historických areálů, například poutního místa v Mariánské Týnice a řady dalších. Celá kulturní česká společnost v odchodu prof. Horyny ztrácí významnou osobnost, jejíž přínos však jako trvalý nebude zapomenut.

prof. PhDr. Mojmír Horyna