Jednou z hlavních úloh muzea je schraňovat a současně uchovávat v co nejlepším stavu sbírky. Komplexní péči o sbírkové předměty zajišťuje odbor hlavního konzervátora.

Tento odbor vznikl postupným rozvíjením všestranné péče o sbírky. Restaurátorské dílny se v minulých letech rozrostly a rozčlenily podle náplně činností. V roce 2004 se oddělilo specializované oddělení Vysoušení zamražených archiválií, které vzniklo na základě potřeby napravit rozsáhlé škody napáchané povodní v roce 2002 na archivním papírovém materiálu NTM. V návaznosti na vysoušení se logicky vybudoval atelier restaurování papíru. V současnosti se odbor hlavního konzervátora skládá z oddělení restaurování papíru, které zahrnuje i vysoušecí pracoviště, dále z restaurátorských dílen a oddělení preventivní konzervace. Součinnost všech těchto oddělení napomáhá komplexně pečovat o celou škálu sbírkových předmětů, včetně kvalitního uložení.

Součástí péče o sbírky je i jejich kvalitní a důsledná evidence. Nad touto činností má dohled odbor hlavního kurátora sbírek, které zajišťuje důslednou kontrolu označení všech sbírkových předmětů, revizi, inventuru a kontakt s MK ČR v rámci evidence sbírek v CESu. Přes toto oddělení jde také veškerá agenda spojená se zápůjčkami a se schvalováním vývozů předmětů do zahraničí.