Oddělení restaurování papíru vzniklo sloučením oddělení vysoušení zamražených archiválií (VZA) a Atelieru restaurování papíru. VZA vzniklo v r. 2004 jako specializované pracoviště pro ruční vysoušení archiválií poškozených povodní v roce 2002. V květnu 2005 nad projektem ručního vysoušení archiválií převzal záštitu Český výbor pro UNESCO. V roce 2006 udělila porota soutěže Gloria musaealis vysoušecímu pracovišti 3. místo v kategorii Počin roku 2005. V srpnu letošního roku (2011) bylo vysoušení po devíti letech dokončeno. I nadále však bude toto pracoviště poskytovat konzultační a poradenské služby pro veřejnost i jiné instituce.

S přibývajícími vysušenými archiváliemi vznikla v NTM potřeba restaurovat vybrané vzácné plány a návrhy, poškozené při povodni. Z tohoto důvodu byl v roce 2009 otevřen Atelier restaurování papíru, specializovaný na konzervaci a restaurování velkoplošné plánové dokumentace. Pracoviště vzniklo za finanční podpory MK ČR a z daru Klubu přátel za starou Prahu - SOS archiv architektury.

Po skončení vysoušení se oddělení restaurování papíru věnuje také konzervaci a restaurování sbírkových předmětů papírové povahy (tzn. grafické listy, plakáty, důlní a astronomické mapy, glóby, historické fotografie či negativy a jiné), uložených ve sbírkách a archivech NTM . Jedná se především o jejich přípravu na převoz a dlouhodobé uložení v nových depozitářích v Čelákovicích, a také o přípravu dokumentů pro účely prezentace ve stálých expozicích či výstavách.

Výrazným přínosem pro toto oddělení je spolupráce s laboratoří NTM, kde se provádí řada analýz (materiálové složení FTIR, optická mikroskopie), které pomáhají při určování jednotlivých technik, pojiv či pigmentů, což je důležité nejen pro další restaurování, ale i pro preventivní konzervaci.